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Brainiac est un cerveau artificiel interactif créé par le kryptonien Dax-Ur. Il apparaît au Kansas, sous un aspect liquide noir qui sort d'un vaisseau spatial similaire à celui de Kal-El. Il se métamorphose et prend forme humaine. Il se présente à l'université comme le professeur Milton Fine, pour mettre à exécution ses plans. Il propose à Clark un poste d'assistant pour ses recherches, mais il refuse au départ. Il va voir Lex quand Fine accuse Luthercorp et Lex d'être diaboliques et parle de ses activités douteuses. La réaction de Lex confirme les propos de Fine et Clark reconsidère sa demande. Il accepte de devenir son assistant. Lana reçoit un paquet de Lex contenant un fragment de kryptonite argentée. Clark se blesse avec, quand il essaie de le sortir de la boîte. Il est victime de délires paranoïaques, c'est la kryptonite argentée qui en est la cause. Fine le libère en retirant un fragment présent dans son sang au niveau du cou. Clark découvre que son professeur d'histoire n'est pas humain, quand il utilise ses pouvoirs. Ils sont similaires aux siens, il prétend qu'il est kryptonien. Il essaie de gagner sa confiance, mais il mijote un plan. Il tient un morceau de kryptonite argentée dans sa main, après le départ de Clark. Il a donc tout manigancé, ce n'est pas Lex l'expéditeur du colis. Il fait croire que Martha est malade à cause de Jor-El. Ce dernier avait dit, qu'un être qui lui est cher perdra sa vie, en échange de la sienne. Il le manipule pour qu'il utilise le cristal noir sur la forteresse, où il communique avec son père biologique Jor-El. Il fait croire qu'il sauvera sa mère ainsi. Son plan fonctionne et un portail s'ouvre. La forteresse commence à se détruire et Zod s'apprête à quitter la zone fantôme. Brainiac manipule Clark, car il est le seul à pouvoir utiliser le cristal sur la forteresse. Il le piège ensuite avec de la kryptonite verte. Clark est libéré à temps par Chloé et il retire le cristal noir. Le portail se referme et Fine est furieux. Il se jette sur Clark, qui le projette sur les pics de glace de la forteresse. Du liquide noir coule de son œil et de sa bouche. Il disparaît en laissant un éclat de lumière. Clark découvre la vraie nature de Fine, c'est une intelligence artificielle. Lex apprend que le professeur est toujours en vie dans une forêt en Honduras. Celui-ci tue deux personnels scientifiques dans une cabane, où des personnes sont mortes contaminées par un virus. Ils avaient récupéré des tubes contenant du sang des victimes. Il met le feu en utilisant son pouvoir de vision thermique et garde un tube de sang. Le mot Biohazard est écrit dessus. Lex part à sa rencontre et Fine parle de ses recherches sur les extra-terrestres. Il évoque également la présence d'un vaisseau spatial lors de la pluie de météorites, qui a mystérieusement disparu. Il pensait que c'était Luthercorp qui détenait le vaisseau, il a mené une enquête. Selon lui, il est maintenant en Honduras. Brainiac passe un accord avec Lex, il veut fabriquer des armes pour empêcher l'invasion de la planète par des formes de vie extra-terrestres. En échange, Lex demande l'accès intégral à ses données de recherche.

Brainiac insiste sur la menace qui pèse, en évoquant la fin de Luthercorp s'ils ne réagissent pas. Lex est contraint à collaborer avec lui sans conditions, il retourne au Kansas. Plus tard, Brainiac sort de son vaisseau en se dupliquant, il dit qu'il a besoin de plus de substances. Il va voir Lex au manoir pour savoir si le vaccin est prêt pour éradiquer un virus. Suspicieux, Lex approche un fragment de kryptonite verte vers lui, mais il n'a aucun effet sur lui. Il révèle alors sa vraie nature. Brainiac prend l'apparence de Jonathan pour manipuler Clark et convaincre de tuer Lionel Luthor. Il est confus, mais il se rend compte rapidement que ce n'est pas son père. Lionel pose sa main sur la joue de Brainiac, ce qui dévoile son vrai visage et le fait disparaître en éclat de lumière. Il va voir Lex et lui injecte une dose du vaccin, qui ne l'affecte pas. Il fait exploser les antidotes et détruit le laboratoire. Il libère un virus informatique qui paralyse tous les systèmes afin de déclencher une panique générale et la destruction de la Terre. Il refuse de le stopper à moins que Clark accepte de libérer Zod. Celui-ci ne cède pas. Jor-El a confié à son fils une dague pour détruire l'hôte de Zod, c'est-à-dire Lex. Il poignarde Brainiac à la place et permet à Zod d'entrer dans corps de Lex. On comprend mieux quels étaient les plans de Brainiac, depuis sa présence en Honduras : préparer Lex pour qu'il soit le vaisseau de Zod. Ce dernier est enfermé dans un cristal par Clark et Lex est libéré. Brainiac fait son retour ! Il parle à Bizarro, le clone de Clark qui tente de se faire passer pour lui. Brainiac voit clair dans son jeu et sait qui il est. Il lui suggère d'aller voir Dax-Ur pour trouver une solution à son problème, concernant sa vulnérabilité aux rayons du soleil. Clark est libéré par Jor-El de la forteresse et il se rend chez Dax-Ur, pour récupérer la kryptonite bleue. Brainiac utilise son talent de manipulateur pour monter Clark et Bizarro l'un contre l'autre. Il en profite pour aller chez Dax-Ur et demande de le réparer, car il a subit quelques dégâts. Son créateur refuse. Brainiac le tue et récupère les informations nécessaires dans sa tête. Brainiac plonge Lana dans un état catatonique pour atteindre Kara, la cousine de Clark. Il l'oblige à le suivre et l'emmène à Krypton dans un autre espace temps. Il veut ainsi se débarrasser de Clark dans le futur, en éliminant Kal-El, bébé à cette époque. Kara poignarde Brainiac avec un stalactite et le frappe. Clark met le bébé dans le vaisseau et sauve sa vie future. Brainiac prend l'apparence de Kara et demande où se trouve l'objet qui permet de contrôler le voyageur, au dernier membre de Veritas. C'est une organisation secrète, qui a pour but d'accueillir et de protéger le voyageur, jusqu'à ce qu'il soit en mesure d'accomplir sa mission sur Terre. Brainiac divulgue à Lex l'existence de la forteresse de la solitude. Il s'en prend à Chloé sous l'apparence de Kara, quand elle utilise la kryptonite verte sur lui. Il lui montre son vrai visage, alors qu'elle est surprise de voir que la kryptonite ne le paralyse pas. Elle est plongée dans un état catatonique comme Lana et il lui a probablement transmis une partie de ses pouvoirs. Sa capacité intellectuelle se développe considérablement depuis cet événement. Brainiac part se recharger dans une centrale électrique. Clark le frappe et interrompt le processus. Il le transperce avec des câbles électriques et une intense lumière blanche le traverse. La surcharge le fait exploser. Sa destruction libère Kara de sa prison, ainsi que Chloé et Lana, qui reprennent conscience. Brainiac s'est introduit dans la mémoire de Chloé, lorsqu'il s'en est pris à elle la dernière fois. Il efface ses souvenirs. Elle voit apparaître à plusieurs reprises le symbole kryptonien qui représente la destruction. Clark reconstruit la forteresse de la solitude et demande de l'aide à Jor-El.

Il la dépose sur le sol et un flash de lumière est envoyé sur elle. Jor-El restaure sa mémoire et la libère de l'emprise de Brainiac. Ses yeux deviennent noirs et un liquide noir coule de son oreille. Elle retrouve son état normal, mais elle ne sait plus le secret de Clark, ni quoique ce soit concernant Krypton. Brainiac a utilisé Chloé pour prendre contact avec le Destructeur. Il parle avec Jor-El sous un aspect liquide noir et recouvre entièrement la forteresse. Il parle d'une nouvelle ère de puissance et de force, qui va débuter avec la fin de la famille Kent. Il annonce que le jour de la destruction arrive et le symbole kryptonien s'affiche à nouveau sur le sol. Brainiac prend le contrôle de la forteresse de la solitude. Davis alias le Destructeur enlève Chloé pendant son mariage avec Jimmy et l'emmène à la forteresse. Lorsqu'il la dépose, Brainiac prend possession de son corps. Elle a les yeux noirs brillants et elle sourit. Chloé/Brainiac informe Davis qu'il est Doomsday et qu'il a été crée dans le but de tuer Clark et détruire le monde. Il l'enferme dans la glace, il doit être dans sa chrysalide pour se métamorphoser. Chloé/Brainiac informe Clark de son plan, quand il vient solliciter l'aide de Jor-El pour retrouver Chloé. Il explique qu'il a l'intention d'absorber toutes les informations et les connaissances de la Terre, puis la détruire. C'est pourquoi, il a besoin du Destructeur. Chloé/Brainiac va au Daily Planet pour absorber les informations stockées là-bas. Il pirate les câbles et vole petit à petit les connaissances des habitants en les hypnotisant, grâce au symbole qu'il affiche sur les écrans des ordinateurs. La Légion vient du futur et interrompt son plan. Elle utilise ses pouvoirs pour sauver Chloé. Brainiac est retiré de son corps, il est extrait par sa bouche. Un des membres de la Légion le tient dans sa main sous forme de sphère en métal noire. Davis n'est plus gelé dans la glace, sa transformation est terminée. Brainiac est emmené par la Légion au 31ème siècle. Il réapparaît pendant une réunion des anciens élèves. Il a la bague de la Légion, dont il dit en faire parti. Elle comporte la lettre "L" et le dessin d'une météorite. Il se présente sous son apparence humaine, comme une version améliorée, avec le nom de Brainiac 5. Il montre à Clark la dernière altercation entre Jonathan et Lionel et il lui explique que l'obscurité se trouve dans son passé. S'il veut aller de l'avant, il doit arrêter de punir lui et son entourage. Il fait aussi voir comment Oliver gère la révélation de sa double identité dans le présent. Il est en détresse et il le cherche. Brainiac 5 essaie de le raisonner concernant la sécurité de Loïs, mais il prend la bague en croyant que sa vie est menacée. Il se retrouve accidentellement dans le futur, où Loïs est au courant pour son secret et le protège. Brainiac 5 le rejoint et précise qu'ils étaient censés de venir ici ensemble. De retour au présent à la réunion des anciens, Clark voit Loïs discuter. Il réalise ce que Brainiac 5 lui a enseigné et le remercie. Il lui dit de vivre le présent et non dans le passé et de ne pas craindre l'avenir. Il retourne ensuite au 31ème siècle.