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• La kryptonite verte paralyse les kryptoniens dès qu'il est à proximité. Ils sont cloués au sol, si elle reste posée sur eux. Une fois retirée et éloignée (enfermée ou détruite), le kryptonien reprend ses forces et il peut bouger. Elle le blesse si elle est utilisée dans une arme et peut le tuer en cas de contact extrême. Pour Bizarro, le clone de Clark, elle soigne ses blessures et redonne ses forces.
• La kryptonite rouge modifie le comportement de la personne en contact, elle devient extravertie et rebelle. Elle devient incontrôlable et elle est facilement manipulable. Ses paroles dépassent souvent ses pensées. Son jugement est altéré. Clark est sous l'emprise la première fois, quand il enfile une bague sertie de kryptonite rouge, acheté au lycée. Alicia, une kryptomonstre ayant le pouvoir de téléportation, l'utilise sur un collier qu'elle fabrique. Elle a une obsession pour Clark. Elle le garde sous en emprise, mais elle finit par le libérer. 
• La kryptonite noire, scinde la personnalité d'un être en plusieurs êtres distincts. Lex en fait l'expérience lorsque la pierre explose, suite à une mauvaise manipulation lors de son étude. Elle est également utilisée pour séparer le Destructeur et sa part humaine.
• La kryptonite argentée rend paranoïaque et fait délirer. La personne ne distingue plus la réalité et les illusions, il a des hallucinations. Brainiac l'utilise pour manipuler Clark. 
• La kryptonite bleue lui supprime temporairement et sans douleurs les pouvoirs des kryptoniens. On peut le voir quand Clark porte l'anneau de Jor-El. Il est immunisé contre les symptômes de la kryptonite verte. Les effets de la kryptonite bleue sont actifs que sous un soleil jaune. Pour Bizarro, elle surcharge ses pouvoirs et le tue. 
• La kryptonite dorée peut définitivement enlever les pouvoirs, d'après Clark. L'anneau qu'il voulait mettre au doigt de Loïs, lors de leur mariage, a été fabriqué avec. Darkseid l'a donné à Oliver quand il a été gravé du symbole oméga et qu'il était sous son influence. Ce dernier le détruit quand il est libéré du symbole oméga, grâce aux paroles et la foi que Clark a en lui.

Il est introduit comme un ambulancier à Métropolis sous le nom de Davis Bloome. Il a une attention particulière pour Chloé. Il est soupçonné d'avoir commis des meurtres, car il est présent dans tous les lieux de crimes. Chloé croit en son innocence et il lui fait part de ses absences inexpliquées depuis son enfance, qui sont de plus en plus fréquentes. Elle lui promet de l'aider. Une des personnes qui se présente chez Chloé à l'ISIS (une organisation créée par Lana, ayant pour but d'aider les kryptomonstres) est arrêté. On comprend rapidement que ce n'est pas elle la vraie responsable. La mère de Davis s'échappe de la zone fantôme et prend possession du corps de Loïs. Elle lui rend visite au centre hospitalier de Métropolis et lui parle de ses origines. Il a été créé par Zod et Faora. Elle est au courant de ses absences et explique qu'il est en pleine évolution, pour accomplir sa destinée. Elle le blesse grièvement et ajoute que ce qui le tue, le renforce. Il reprend conscience et ses blessures ont disparu. Il essaie alors de se poignarder sur la poitrine, mais le couteau se casse en morceaux. Brainiac qui a infecté Chloé lui fait oublier tout, excepté Clark. Elle croise Davis à l'hôpital alors qu'elle cherche une solution pour son amnésie. Elle se rappelle de sa promesse pour l'aider à enquêter sur son passé, mais il l'arrête en disant que ce n'est plus nécessaire. Jimmy et Chloé préparent leur mariage et Davis vient à l'appartement de Chloé pour dire qu'il ne pourra pas être là. Brainiac continue à effacer la mémoire de Chloé, elle ne se souvient que de Davis. Elle l'appelle à l'aide et il lui montre son soutien. Il lui injecte un sédatif, car elle devient incontrôlable en présence de Clark et Jimmy. Il quitte ensuite les lieux. Brainiac prend contact avec Davis en utilisant Chloé. Il se change en Doomsday et enlève celle-ci le jour du mariage. Il la ramène à la forteresse de la solitude, qui a été corrompu par Brainiac. Il annonce à Davis qui a repris son apparence humaine, qu'il est Doomsday et qu'il a été envoyé pour détruire la planète Terre. Il l'enferme dans la glace, comme un papillon dans sa chrysalide. Sa transformation commence. Clark interrompt le processus, lorsqu'il se débarrasse une nouvelle fois de Brainiac. Sa métamorphose est tout de même achevée, hors du "cocon". Au Talon, il avoue ses sentiments à Chloé et l'embrasse. Elle le repousse et refuse, car elle aime Jimmy Olsen. Il lui révèle qu'il est le Destructeur, mais Clark remonte le temps avec la bague de la Légion pour réparer son erreur. Il avait révélé son identité secrète au public et les conséquences étaient désastreuses. Chloé oublie tout, avant qu'elle puisse réagir. Jimmy est la première personne à découvrir sa véritable identité, Davis fait tout pour faire croire qu'il délire. Il trompe ainsi Chloé et son entourage. Elle et Clark finissent par savoir la vérité. Il a été attaché au vaisseau de Kal-El et envoyé sur Terre le même jour. Lionel Luthor l'a recueilli en pensant que c'était le voyageur. Après avoir fait certains test, il conclut qu'il est humain. Il envoie un de ses hommes de main, qui l'abandonne lâchement dans la rue. Davis avoue à Chloé qu'il est Doomsday et demande le tuer. Il est enfermé dans une cage et elle verse de la kryptonite verte dessus. Au lieu de le tuer, il le rend plus fort. Ce qui prouve qu'il n'est pas un kryptonien ordinaire.

Il supplie Chloé de rester près lui, car elle calme la Bête qui est en lui. Elle cache qu'il est vivant à Clark, mais il découvre la vérité en voyant que sa tombe est vide. Elle cherche un moyen pour soigner Davis. Au Talon, il assomme et retient prisonnier Jimmy et Oliver. Alerté par les bruits, Clark les sauve et emmène Davis à la forteresse. Il utilise le cristal noir pour l'envoyer dans la zone fantôme. Chloé retire le cristal et dit à Clark qu'elle doit être près de lui ou la Bête va resurgir. Elle quitte la forteresse avec Davis et décide de partir avec lui de Smallville. Elle pense que c'est le seul moyen pour empêcher Doomsday de tuer Clark. Sa transformation est liée à ses émotions, la colère le change en Doomsday. Il a des moments d'absence, ses yeux deviennent rouges et des piques sortent sur son front puis sur son corps. Il a une apparence démoniaque. Sa peau est noire avec des pointes blanches sur le visage et sur le corps. La présence de Chloé est la seule chose qui calme la Bête. La Légion vient du futur et propose d'envoyer Doomsday au 31ème siècle pour qu'ils s'en occupent. Il refuse en disant que c'est cela sa destinée. Il doit l'empêcher de détruire le monde. Il propose aux justiciers, groupes de héros créé par Oliver, d'utiliser la kryptonite noire. Il veut ainsi séparer Davis et la Bête en deux, pour sauver sa part humaine. Les justiciers refusent son idée, car il y a des risques de libérer un monstre sans conscience. Oliver dit que l'humanité a une part obscure, même si Clark ne veut pas l'admettre. Pour ne pas le perdre, il l'immobilise avec une flèche de kryptonite verte et décide de tuer Davis. Chloé s'interpose et elle utilise la kryptonite noire sur lui. Les deux personnalités de Davis sont scindées, la Bête va semer le désastre chez les habitants dans la ville. Clark s'occupe de lui, une fois libéré par Jimmy. Après un combat acharné, il l'emmène dans une centrale géothermique où Oliver et les justiciers ont installé des explosifs. Jimmy est courant du secret de Clark. Il rejoint Chloé et se réconcilie avec elle, il comprend qu'elle a tout sacrifié pour protéger Clark. Notamment quand elle était avec Davis, elle n'avait pas de sentiments pour lui. Jimmy et Chloé s'embrassent alors passionnément. Furieux après avoir entendu la conversation, Davis poignarde Jimmy par derrière avec une tige en métal. Il se sent trahi, il demande pourquoi elle a fait ça et déclare qu'il l'aimait vraiment. Elle répond qu'elle aurait pu l'aimer aussi, mais elle voulait avant tout le sauver. Davis essaie aussi d'attaquer Chloé, mais Jimmy le pousse et il est empalé sur une pointe métallique. Chloé tient Jimmy dans ses bras, il succombe à ses blessures. Clark avoue que Oliver avait finalement raison, puisque c'est la part humaine de Davis qui a tué Jimmy. 

Brainiac est un cerveau artificiel interactif créé par le kryptonien Dax-Ur. Il apparaît au Kansas, sous un aspect liquide noir qui sort d'un vaisseau spatial similaire à celui de Kal-El. Il se métamorphose et prend forme humaine. Il se présente à l'université comme le professeur Milton Fine, pour mettre à exécution ses plans. Il propose à Clark un poste d'assistant pour ses recherches, mais il refuse au départ. Il va voir Lex quand Fine accuse Luthercorp et Lex d'être diaboliques et parle de ses activités douteuses. La réaction de Lex confirme les propos de Fine et Clark reconsidère sa demande. Il accepte de devenir son assistant. Lana reçoit un paquet de Lex contenant un fragment de kryptonite argentée. Clark se blesse avec, quand il essaie de le sortir de la boîte. Il est victime de délires paranoïaques, c'est la kryptonite argentée qui en est la cause. Fine le libère en retirant un fragment présent dans son sang au niveau du cou. Clark découvre que son professeur d'histoire n'est pas humain, quand il utilise ses pouvoirs. Ils sont similaires aux siens, il prétend qu'il est kryptonien. Il essaie de gagner sa confiance, mais il mijote un plan. Il tient un morceau de kryptonite argentée dans sa main, après le départ de Clark. Il a donc tout manigancé, ce n'est pas Lex l'expéditeur du colis. Il fait croire que Martha est malade à cause de Jor-El. Ce dernier avait dit, qu'un être qui lui est cher perdra sa vie, en échange de la sienne. Il le manipule pour qu'il utilise le cristal noir sur la forteresse, où il communique avec son père biologique Jor-El. Il fait croire qu'il sauvera sa mère ainsi. Son plan fonctionne et un portail s'ouvre. La forteresse commence à se détruire et Zod s'apprête à quitter la zone fantôme. Brainiac manipule Clark, car il est le seul à pouvoir utiliser le cristal sur la forteresse. Il le piège ensuite avec de la kryptonite verte. Clark est libéré à temps par Chloé et il retire le cristal noir. Le portail se referme et Fine est furieux. Il se jette sur Clark, qui le projette sur les pics de glace de la forteresse. Du liquide noir coule de son œil et de sa bouche. Il disparaît en laissant un éclat de lumière. Clark découvre la vraie nature de Fine, c'est une intelligence artificielle. Lex apprend que le professeur est toujours en vie dans une forêt en Honduras. Celui-ci tue deux personnels scientifiques dans une cabane, où des personnes sont mortes contaminées par un virus. Ils avaient récupéré des tubes contenant du sang des victimes. Il met le feu en utilisant son pouvoir de vision thermique et garde un tube de sang. Le mot Biohazard est écrit dessus. Lex part à sa rencontre et Fine parle de ses recherches sur les extra-terrestres. Il évoque également la présence d'un vaisseau spatial lors de la pluie de météorites, qui a mystérieusement disparu. Il pensait que c'était Luthercorp qui détenait le vaisseau, il a mené une enquête. Selon lui, il est maintenant en Honduras. Brainiac passe un accord avec Lex, il veut fabriquer des armes pour empêcher l'invasion de la planète par des formes de vie extra-terrestres. En échange, Lex demande l'accès intégral à ses données de recherche.

Brainiac insiste sur la menace qui pèse, en évoquant la fin de Luthercorp s'ils ne réagissent pas. Lex est contraint à collaborer avec lui sans conditions, il retourne au Kansas. Plus tard, Brainiac sort de son vaisseau en se dupliquant, il dit qu'il a besoin de plus de substances. Il va voir Lex au manoir pour savoir si le vaccin est prêt pour éradiquer un virus. Suspicieux, Lex approche un fragment de kryptonite verte vers lui, mais il n'a aucun effet sur lui. Il révèle alors sa vraie nature. Brainiac prend l'apparence de Jonathan pour manipuler Clark et convaincre de tuer Lionel Luthor. Il est confus, mais il se rend compte rapidement que ce n'est pas son père. Lionel pose sa main sur la joue de Brainiac, ce qui dévoile son vrai visage et le fait disparaître en éclat de lumière. Il va voir Lex et lui injecte une dose du vaccin, qui ne l'affecte pas. Il fait exploser les antidotes et détruit le laboratoire. Il libère un virus informatique qui paralyse tous les systèmes afin de déclencher une panique générale et la destruction de la Terre. Il refuse de le stopper à moins que Clark accepte de libérer Zod. Celui-ci ne cède pas. Jor-El a confié à son fils une dague pour détruire l'hôte de Zod, c'est-à-dire Lex. Il poignarde Brainiac à la place et permet à Zod d'entrer dans corps de Lex. On comprend mieux quels étaient les plans de Brainiac, depuis sa présence en Honduras : préparer Lex pour qu'il soit le vaisseau de Zod. Ce dernier est enfermé dans un cristal par Clark et Lex est libéré. Brainiac fait son retour ! Il parle à Bizarro, le clone de Clark qui tente de se faire passer pour lui. Brainiac voit clair dans son jeu et sait qui il est. Il lui suggère d'aller voir Dax-Ur pour trouver une solution à son problème, concernant sa vulnérabilité aux rayons du soleil. Clark est libéré par Jor-El de la forteresse et il se rend chez Dax-Ur, pour récupérer la kryptonite bleue. Brainiac utilise son talent de manipulateur pour monter Clark et Bizarro l'un contre l'autre. Il en profite pour aller chez Dax-Ur et demande de le réparer, car il a subit quelques dégâts. Son créateur refuse. Brainiac le tue et récupère les informations nécessaires dans sa tête. Brainiac plonge Lana dans un état catatonique pour atteindre Kara, la cousine de Clark. Il l'oblige à le suivre et l'emmène à Krypton dans un autre espace temps. Il veut ainsi se débarrasser de Clark dans le futur, en éliminant Kal-El, bébé à cette époque. Kara poignarde Brainiac avec un stalactite et le frappe. Clark met le bébé dans le vaisseau et sauve sa vie future. Brainiac prend l'apparence de Kara et demande où se trouve l'objet qui permet de contrôler le voyageur, au dernier membre de Veritas. C'est une organisation secrète, qui a pour but d'accueillir et de protéger le voyageur, jusqu'à ce qu'il soit en mesure d'accomplir sa mission sur Terre. Brainiac divulgue à Lex l'existence de la forteresse de la solitude. Il s'en prend à Chloé sous l'apparence de Kara, quand elle utilise la kryptonite verte sur lui. Il lui montre son vrai visage, alors qu'elle est surprise de voir que la kryptonite ne le paralyse pas. Elle est plongée dans un état catatonique comme Lana et il lui a probablement transmis une partie de ses pouvoirs. Sa capacité intellectuelle se développe considérablement depuis cet événement. Brainiac part se recharger dans une centrale électrique. Clark le frappe et interrompt le processus. Il le transperce avec des câbles électriques et une intense lumière blanche le traverse. La surcharge le fait exploser. Sa destruction libère Kara de sa prison, ainsi que Chloé et Lana, qui reprennent conscience. Brainiac s'est introduit dans la mémoire de Chloé, lorsqu'il s'en est pris à elle la dernière fois. Il efface ses souvenirs. Elle voit apparaître à plusieurs reprises le symbole kryptonien qui représente la destruction. Clark reconstruit la forteresse de la solitude et demande de l'aide à Jor-El.

Il la dépose sur le sol et un flash de lumière est envoyé sur elle. Jor-El restaure sa mémoire et la libère de l'emprise de Brainiac. Ses yeux deviennent noirs et un liquide noir coule de son oreille. Elle retrouve son état normal, mais elle ne sait plus le secret de Clark, ni quoique ce soit concernant Krypton. Brainiac a utilisé Chloé pour prendre contact avec le Destructeur. Il parle avec Jor-El sous un aspect liquide noir et recouvre entièrement la forteresse. Il parle d'une nouvelle ère de puissance et de force, qui va débuter avec la fin de la famille Kent. Il annonce que le jour de la destruction arrive et le symbole kryptonien s'affiche à nouveau sur le sol. Brainiac prend le contrôle de la forteresse de la solitude. Davis alias le Destructeur enlève Chloé pendant son mariage avec Jimmy et l'emmène à la forteresse. Lorsqu'il la dépose, Brainiac prend possession de son corps. Elle a les yeux noirs brillants et elle sourit. Chloé/Brainiac informe Davis qu'il est Doomsday et qu'il a été crée dans le but de tuer Clark et détruire le monde. Il l'enferme dans la glace, il doit être dans sa chrysalide pour se métamorphoser. Chloé/Brainiac informe Clark de son plan, quand il vient solliciter l'aide de Jor-El pour retrouver Chloé. Il explique qu'il a l'intention d'absorber toutes les informations et les connaissances de la Terre, puis la détruire. C'est pourquoi, il a besoin du Destructeur. Chloé/Brainiac va au Daily Planet pour absorber les informations stockées là-bas. Il pirate les câbles et vole petit à petit les connaissances des habitants en les hypnotisant, grâce au symbole qu'il affiche sur les écrans des ordinateurs. La Légion vient du futur et interrompt son plan. Elle utilise ses pouvoirs pour sauver Chloé. Brainiac est retiré de son corps, il est extrait par sa bouche. Un des membres de la Légion le tient dans sa main sous forme de sphère en métal noire. Davis n'est plus gelé dans la glace, sa transformation est terminée. Brainiac est emmené par la Légion au 31ème siècle. Il réapparaît pendant une réunion des anciens élèves. Il a la bague de la Légion, dont il dit en faire parti. Elle comporte la lettre "L" et le dessin d'une météorite. Il se présente sous son apparence humaine, comme une version améliorée, avec le nom de Brainiac 5. Il montre à Clark la dernière altercation entre Jonathan et Lionel et il lui explique que l'obscurité se trouve dans son passé. S'il veut aller de l'avant, il doit arrêter de punir lui et son entourage. Il fait aussi voir comment Oliver gère la révélation de sa double identité dans le présent. Il est en détresse et il le cherche. Brainiac 5 essaie de le raisonner concernant la sécurité de Loïs, mais il prend la bague en croyant que sa vie est menacée. Il se retrouve accidentellement dans le futur, où Loïs est au courant pour son secret et le protège. Brainiac 5 le rejoint et précise qu'ils étaient censés de venir ici ensemble. De retour au présent à la réunion des anciens, Clark voit Loïs discuter. Il réalise ce que Brainiac 5 lui a enseigné et le remercie. Il lui dit de vivre le présent et non dans le passé et de ne pas craindre l'avenir. Il retourne ensuite au 31ème siècle. 

Il est le père de Lex, Julian et Lucas et le fondateur de Luthercorp. L'activité principale est la production de pesticides, d'engrais et d'autres produits agricoles. Il s'est également diversifié dans d'autres domaines, notamment dans diverses branches de la technologie. Il possède un laboratoire secret au sous-sol. Il fait des recherches sur les modifications génétiques des organismes vivants, en utilisant les météorites. Son rôle est ambiguë, il est montré au début comme le principal antagoniste de Clark. Il s'oppose à la fois à lui et à son fils. Il sert avant tout ses propres intérêts. Il est prêt à tout pour détenir la richesse et le pouvoir. Ses agissements sèment le doute, notamment quand il interne Lex. Lionel lui fait subir un traitement, pour qu'il oublie qu'il est responsable du meurtre de ses propres parents. Lex a également vu Clark utiliser ses pouvoirs à ce moment, mais il va l'oublier. Lionel s'intéresse de plus en plus aux grottes Kawatche, qui comportent des inscriptions kryptoniennes. Il a une tumeur au foie, il est en phase terminale. Il est finalement mis en prison pour le meurtre de ses parents, Lex a une preuve fournie par Chloé. Il veut utiliser une pierre kryptonienne pour interchanger son corps avec Lex et le laisser croupir en prison. Finalement, il fait l'échange avec Clark. Lorsqu'il récupère son corps, sa maladie disparaît miraculeusement. Il est en rémission. Il reprend ses recherches dans les grottes souterraines et cherche les trois pierres de la connaissance. Après avoir téléchargé les connaissances kryptoniennes, il tombe dans un état catatonique. Jor-El lui rend son état normal et commence à l'utiliser comme intermédiaire pour parler à Clark. Il écrit à son insu des symboles kryptoniens sur des papiers, quand Jor-El le plonge en état catatonique. Il les conserve dans une pièce secrète. Il commence à aider Clark, mais ses agissements restent douteuses. Il est la dernière personne à parler avec Jonathan Kent avant sa mort. Il va aider Martha Kent pour financer sa campagne pour le poste de sénateur. Il va être prêt à sacrifier sa vie pour sauver celle de Martha. Quelqu'un les défit avec des jeux mortels à énigmes. Clark les sauve en retenant l'ascenseur qui descend à toute vitesse. Lionel le remercie et vente Martha et Jonathan de l'avoir bien élevé. Il dit plus tard en s'adressant à Clark que le secret est entre de bonnes mains. Lorsque ce dernier apprend qu'il a forcé Lana à épouser Lex, il veut le tuer. Lionel justifie que c'était le seul moyen pour avoir des informations sur le dernier évadé de la zone fantôme. Quand Clark s'était libéré, sept prisonniers se sont échappés et ils en a retrouvé que six. John Jones, un martien ami de son père biologique, intervient en révélant qu'il est l'émissaire de Jor-El. Clark le consulte quand il a des informations pour lui. Il reste malgré tout méfiant. Lionel est tué par Lex, il le pousse du haut de Luthercorp dans son bureau. Il sait qu'il a une des deux clés, pour ouvrir le coffre contenant l'objet qui peut contrôler le voyageur. L'obsession de Lex pour connaître l'identité du voyageur le fait sombrer. Plus tard, dans un flash-back, on voit une petite fille abandonnée dans un orphelinat. Elle est venue dans une limousine noire, qui a une plaque avec Luthor écrit dessus. Cet événement montre une fois de plus, la cruauté de Lionel. Sur le certificat de naissance appartenant à Tess Mercer, son vrai nom est mentionné "Lutessa Lena Luthor". Clark l'apprend quand il utilise la boîte à miroir. Il se retrouve dans une réalité parallèle où il est Clark Luthor alias Ultraman, le fils adoptif de Lionel. Lorsqu'il a quitté ce monde, le Lionel du monde parallèle l'a suivi. Il essaie de rallier Conner Kent (voir Lex Luthor) à lui pour régner sur l'empire des Luthor. Il utilise la kryptonite rouge pour faire ressortir son côté sombre, mais il échoue. Il va à la tombe de Lex et dit qu'il aurait été prêt à tout pour le faire revenir. Il enlève Tess, il a besoin d'un cœur pour faire revivre Lex. Elle parvient à s'échapper. Darkseid lui propose un marché : son âme contre la vie de Lex. Il accepte et son cœur est implanté à son fils. Darkseid prend le contrôle de son corps, mais Clark parvient à l'éliminer avec sa super-force et son pouvoir de vol. Il lui fonce dessus et le désintègre. 

En résumé, Lionel est un homme influent qui veut avant tout le pouvoir et la richesse. Il a orchestré la mort de ses propres parents pour toucher l'argent de l'assurance. Il a ainsi financé Luthercorp. Il est prêt à tout pour atteindre ses objectifs personnels. Il s'en prend même à son propre fils pour arriver à ses fins. La guérison de sa maladie incurable va être un événement qui va marquer un tournant dans sa vie. Pourtant, ses activités et sa façon d'agir rendent méfiant, aussi bien Lex que Clark. Il faisait partie de Veritas, une organisation chargée d'accueillir et protéger le voyageur, jusqu'à ce qu'il soit prêt pour sauver la planète de sa destruction. Il montre encore son intérêt personnel, car il veut garder le contrôle du voyageur pour lui seul. Par la suite, il devient le vaisseau de Jor-El et fait tout pour protéger le secret de Clark. Sa mort sera causé par le fait qu'il a dissimulé l'identité du voyageur et que Lex découvre tout au sujet de Veritas. Le Lionel du monde Terre-II est à l'opposé de l'autre Lionel, il sacrifie tout pour faire revenir Lex. Darkseid utilise son corps comme vaisseau, mais il est vaincu par Clark. 

Alexander Luthor est le fils de Lionel Luthor et le dirigeant de Luthercorp. Il devient ami avec Clark, quand il le sauve d'un accident de voiture. Il est reconnaissant et l'aide à plusieurs occasions, ainsi que ses parents. Il le considère comme un frère. Clark le considère également comme son ami, jusqu'à ce qu'il découvre qu'il le surveille. Il va devenir temporairement l'hôte du fantôme de Zod, mais il est libéré par Clark. Ce dernier enferme le fantôme dans un cristal. Il lui pardonne et lui fait promettre de ne pas recommencer ses tests sur lui. Leurs relations se détériorent lorsque Lex commence à développer une obsession sur les phénomènes paranormaux et cherche des explications. Il a en effet frôlé la mort plusieurs fois, mais il est resté en vie. Il veut comprendre comment cela est possible. La jalousie et le manque d'affection vont aussi contribuer au changement de son comportement. Il va envoyer des kryptomonstres pour évaluer les capacités de Clark, ce qui met fin à l'amitié entre eux. Lex est convaincu que les extra-terrestres constituent une menace pour le monde. Il veut empêcher leur invasion. C'est du moins l'explication qu'il donne à Clark pour justifier ses activités et ses agissements. Il met en place le projet Arès pour créer des super-soldats. Il poursuit les études lancées par Lionel sur les météorites et leurs effets sur les humains affectés. Il tue son père en découvrant qu'il était membre de Veritas. Il veut absolument connaître l'identité du voyageur. Il s'empare des deux clés appartenant à l'organisation, qui servent à ouvrir un coffre dans une banque en Suisse. Il contient un objet kryptonien qui peut contrôler le voyageur. Il utilise l'objet sur la forteresse de la solitude et il la détruit. Quand il découvre que c'est Clark "le voyageur" venu de l'espace, il lui en veut de lui avoir caché la vérité sur son origine et ses pouvoirs. Il reproche de ne pas lui avoir accordé sa confiance. Il le désigne comme une menace et fait tout pour le neutraliser. Depuis, Lex est recherché par Clark, il est introuvable. Il est montré de dos plus tard, dans un hôpital avec un masque respiratoire relié à des tubes et des câbles sur lui. Il regarde le mariage de Chloé et Jimmy. Le projet Prométhée est mis en place pour soigner les blessures de Lex, suite à l'effondrement de la forteresse de la solitude. Mais, c'est Lana qui l'expérimente en se portant volontaire. Elle veut empêcher Lex d'être doté de super-pouvoirs et de provoquer le chaos. Elle reçoit des pouvoirs grâce à une combinaison spéciale, qui est vulnérable à la kryptonite. Lex fait exploser Luthercorp pendant la réunion du conseil d'administration, par l'intermédiaire d'un ennemi de Oliver Queen alias l'archer vert. Il s'en prend ensuite au Daily Planet, mais Lana absorbe la kryptonite verte présente dans la bombe grâce à ses pouvoirs. Oliver fait exploser le camion qui transportait Lex et le matériel qui le maintenait en vie. Il est présumé mort. Lex a créé des clones à partir de son ADN dans un laboratoire appelé Cadmus. Le but est de pouvoir prélever les organes nécessaires pour le soigner. Ils sont d'âges et de caractères différents. Le problème est qu'ils sont soit malades en phase terminale, soit ils vieillissent trop vite. La majorité des clones meurent suite à une explosion provoquée par un Lex agressif. Ce dernier meurt de vieillissement rapide. Seul le clone Alexandre survie et il est pris soin par Tess. Plus tard, il s'enfuit et revient pour attaquer Clark avec une arme contenant de la kryptonite. Martha est légèrement blessée, Clark n'est pas venu la sauver comme il l'avait prévu. Le Lionel du monde parallèle le rencontre, mais Alexandre le rejette, car il est au courant qu'il l'a tué dans le monde parallèle Terre-II et préféré Clark dans le monde actuel. Alexandre met le feu au manoir, où Lionel et Martha sont piégés. Clark les sauve de justesse. Tess tente de tuer Alexandre en lui injectant de la cyanure. A sa grande surprise, l'aiguille de la seringue se tord. Il a en fait la moitié de l'ADN de Lex et la moitié de l'ADN de Clark. Il est appelé Conner par Clark, quand il le présente à Loïs. Il l'inscrit à l'université en tant que Conner Kent. Lex a été reconstitué grâce à plusieurs de ses clones, il lui manque un cœur pour vivre. Lionel de Terre-II voulait transplanter celui de Tess, mais elle lui tire dessus et s'échappe. Darkseid prend possession du corps de Lionel de Terre-II et redonne vie à Lex en arrachant son cœur qui bat. Ce dernier poignarde Tess, qui lui touche la joue avec un gant empoisonné avant de mourir. La neurotoxine lui efface les souvenirs. Il retrouve Clark avant la destruction de la Terre par la planète Apokolips, il est surpris de le voir en vie. Lex lui avoue qu'il ne supportait pas le fait qu'il ne voulait pas accepter son destin d'être l'élu. Il lui fait comprendre que leurs destins sont liés, mais qu'ils ne seront pas dans le même camp. Il devient par la suite, le président de Smallville. Il a ainsi le contrôle de la ville.

Depuis son enfance, Lex a une obsession pour les extra-terrestres et les voit tous comme une menace. Il veut être l'homme qui sauve le monde, mais il sombre dans la folie et devient lui-même une menace. Tout comme son père, il est prêt à tout pour atteindre ses objectifs. Il s'en prend à sa famille et à son entourage, peu importe les conséquences. Il réagit sans scrupules, pour savoir la vérité sur les phénomènes paranormaux et les événements inexpliqués. Il pratique des expériences sur les kryptomonstres et crée des clones à partir de son ADN. Il veut ainsi se guérir des dégâts qu'il a subi suite à l'explosion. Sa démarche est une réussite et un tout nouveau Lex est reconstitué. Il fait comprendre à Clark qu'il l'envie, il aurait voulu être l'élu. Il explique que ce ne sont pas les amis ou la famille qui déterminent ce qu'une personne va devenir, mais son ennemi.